La villa fu costruita nella prima metà del '500 per volontà del cardinale Francesco Pisani, a quell'epoca vescovo di Padova, sui resti di un'antica torre medioevale.  Era nata per essere il centro delle proprietà fondiarie della famiglia veneziana nella pianura della Bassa Padovana. L'interesse della famiglia di patrizi veneziani si estese anche a Montagnana e Monselice, con la collaborazione di Andrea Palladio, e nei secoli successivi fino ad arrivare poi alla costruzione della Villa Pisani di Stra, che gravò pesantemente su tutte le altre proprietà.

L'arrivo dell'ultima contessa Pisani nell'800, Evelina van Milligen, moglie di Almorò III, donò alla villa  un ampio parco ed uno splendido giardino, oggi davvero incantevole grazie alla lungimiranza degli attuali proprietari, i signori Bolognesi Scalabrin e della fioritura dei tulipani, che rende imprescindibile una visita in primavera.