L'église est bâtie à partir de 1276 là où, dès la première moitié de 1200, il y avait un bâtiment religieux déjà dédié aux Saints Philippe et Augustin. L'intérieur à une seule neuf, solution souvent utilisée pour les salles de prédication et chère aux ordres mendiants, se conclut avec trois absides, dont la centrale est deux fois les deux latérales. 

Suite aux bombardements  de la deuxième guerre mondiale du 11 mars 1944, l'intérieur a perdu grande partie de la décoration qui enrichissait l'église, les blessures les plus graves se trouvent dans le presbytère, où les  fresques de Guariento, réalisées avant 1360 et dédiées aux Histoires de Saint Philippe et de Saint Augustin, ont survécu seulement sur le coté de droite.

Après la guerre on a reconstruit la Chapelle Ovetari, là où selon la volonté des commanditaires auraient dû  se confronter l'école de Venise et celle de Padoue  dans la représentation des Histoires de Saint Christophe et Sait Jaques, et où les cycle de fresques a été accompli par Andrea Mantegna.

Après la reconstruction de l'église on a ramené sur place les deux fresques d'origine de Mantegna,  notamment L'Assomption de la Vierge et le Martyre de Sait Christophe, qui lors du bombardement avaient été détachées et donc pas endommagées.