La iglesia fue construida a partir del año 1276, en un área donde ya desde la primera mitad del siglo XII existía un edificio religioso, igualmente dedicado a los Santos Felipe y Agustín.

El interior se compone de una única nave, solución usada para las aulas de predicación, tipología muy querida por las órdenes mendicantes y termina con tres ábsides, de los cuales el central es el doble de los laterales.

El interior ha perdido muchas de las decoraciones que enriquecían la iglesia, a causa de un bombardeo durente la Segunda Guerra Mundial el 11 marzo de 1944. Las heridas más graves se encuentran el área del presbiterio, donde solo queda la pared izquierda con el ciclo de frescos de Guariento, dedicado a las historias de S. Felipe y S. Agustín pintado dentro de la mitad de los anos '60 del siglo XIV.

Después de la guerra fue reconstruida la capilla Ovetari, en la que según la voluntad de la familia tendrían que enfrentarse la escuela veneciana y la escuela paduana, con historias de San Cristóbal y Santiago que fueron acabados por Andrea Mantegna.

Después de la reconstrucción de la iglesia, fueron recolocados en sitio los frescos originales pintados por Mantegna que representan la Asunción de la Virgen y el Martirio de San Cristóbal que habían sido quitados de las paredes para restaurarlos y por lo tanto no han sido perjudicados durante el bombardeo.