La actual Basílica es el resultado de tres reconstrucciones que se sucedieron a lo largo de unos setenta anos, de 1238 a 1310.

En la Época de San Antonio existía aquí la pequeña iglesia de Santa Maria Mater Domini englobada durante la construcción de la Basílica, donde hoy se encuentra la capilla de la Virgen Mora.

Cerca de esta capilla en 1229 fue fundado el convento de los frailes muy probablemente fundado por   San Antonio.

San Antonio falleció en 1231 en la "Arcella" un barrio al norte de la ciudad donde existía un monasterio de Clarisas. El cuerpo de San Antonio según su propio deseo fue trasladado y sepultado en la pequeña iglesia de Santa Maria Mater Domini.

El primer núcleo de la Basílica, es decir una iglesia franciscana de una sola nave y un corto ábside, se empezó en 1238; después se añadieron las naves laterales hasta llegar a la estupenda construcción que ahora se puede admirar.