Die heutige Basilika ist, zum gröβten Teil, das Ergebnis von drei Rekonstruktionen, die über 70 Jahre (1238 – 1310) verwirklicht wurden.

Zur Zeit des heiligen Antonius existierte die kleine Kirche „Santa Maria Mater Domini“, heute Kapelle der „schwarzen Madonna „ genannt, welche später in der Errichtung der Basilika eingegliedert wurde. Als noch der heilige lebte, baute man daneben, im Jahr 1229 das Kloster der Brüder. Antonius starb in Arcella, im Norden der Stadt im Klarissinenkloster, aber seine Gebeine wurden, auf Wunsch des heiligen selbst, in die kleine Kirche s. Maria Mater Domini transportiert und dort beerdigt.

Der erste Teilder, im Jahr 1238 angefangene Basilika,  besaß nur das Mittelschiff mit kurzer Apsis, folgend wurden die beiden Seitenschiffe hinzugefügt und dann weiter bis zur Verrichtung dieser  erstaunlichen Struktur, die man heute bewundern kann.